Scientific publications

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Publications HAL de Benjamin,Linard

2021

Journal articles

titre
Ten years of collaborative progress in the Quest for Orthologs
auteur
Benjamin Linard, Ingo Ebersberger, Shawn Mcglynn, Natasha Glover, Tomohiro Mochizuki, Mateus Patricio, Odile Lecompte, Yannis Nevers, Paul Thomas, Toni Gabaldón, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Ikuo Uchiyama
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2021, pp.msab098. ⟨10.1093/molbev/msab098⟩
DOI
DOI : 10.1093/molbev/msab098
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03217851/file/msab098.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Rapid screening and detection of inter-type viral recombinants using phylo- $k$ -mers
auteur
Guillaume Scholz, Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Eric Rivals, Fabio Pardi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, pp.#btaa1020. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1020⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa1020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03094833/file/ALL.pdf BibTex
titre
PEWO: a collection of workflows to benchmark phylogenetic placement
auteur
Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Fabio Pardi, Eric Rivals
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/bioinformatics/btaa657⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa657
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02905244/file/PEWO_HAL_version.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Mitochondrial metagenomics reveals the ancient origin and phylodiversity of soil mites and provides a phylogeny of the Acari
auteur
Paula Arribas, Carmelo Andujar, Maria Lourdes Moraza, Benjamin Linard, Brent Emerson, Alfried Vogler
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/molbev/msz255⟩
DOI
DOI : 10.1093/molbev/msz255
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02385328/file/Arribas%20et%20al._MBE_R2_final_clean_FIGUREtopdf.pdf BibTex
titre
Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences
auteur
Benjamin Linard, Krister Swenson, Fabio Pardi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (18), pp.3303-3312. ⟨10.1093/bioinformatics/btz068⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btz068
pubmedId
Pubmed icone : 30698645
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-02410441/file/2019-LinardRAPPAS.pdf BibTex
titre
New mitochondrial genomes of 39 soil dwelling Coleoptera from metagenome sequencing
auteur
Carmelo Andujar, Paula Arribas, Michal Motyka, Mathew Bocek, Ladislav Bocak, Benjamin Linard, Alfried Vogler
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, Taylor & Francis Online, 2019, 4 (2), pp.2447-2450. ⟨10.1080/23802359.2019.1637289⟩
DOI
DOI : 10.1080/23802359.2019.1637289
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02922399/file/New%20mitochondrial%20genomes%20of%2039%20soil%20dwelling%20Coleoptera%20from%20metagenome%20sequencing.pdf BibTex
titre
OrthoInspector 3.0: open portal for comparative genomics
auteur
Yannis Nevers, Arnaud Kress, Audrey Defosset, Raymond Ripp, Benjamin Linard, Julie Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2019, 47 (D1), pp.D411-D418. ⟨10.1093/nar/gky1068⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky1068
pubmedId
Pubmed icone : 30380106
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01984857/file/PDF_Proof_noj.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences
auteur
Benjamin Linard, Krister Swenson, Fabio Pardi
article
2019
DOI
DOI : 10.1101/328740
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01964474/file/hal_version_Ben.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
The contribution of mitochondrial metagenomics to large-scale data mining and phylogenetic analysis of Coleoptera
auteur
Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Jerome Moriniere, Martijn Timmermans, Carmelo Andujar, Carola Gomez-Rodriguez, Paula Arribas, Kirsten Miller, Julia Lipecki, Emeline Favreau, Amie Hunter, Carola Gómez-Rodríguez, Christopher Barton, Ruie Nie, Conrad Gillett, Thijmen Breeschoten, Ladislav Bocak, Alfried Vogler
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, Elsevier, 2018, 128, pp.1-11. ⟨10.1016/j.ympev.2018.07.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ympev.2018.07.008
pubmedId
Pubmed icone : 30055354
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01984910/file/biorxiv_concat.pdf BibTex
titre
Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs
auteur
Kristoffer Forslund, Cécile Pereira, Salvador Capella-Gutiérrez, Alan Sousa da Silva, Adrian Altenhoff, Jaime Huerta-Cepas, Matthieu Muffato, Mateus Patricio, Klaas Vandepoele, Ingo Ebersberger, Judith Blake, Jesualdo Tomás Fernández Breis, Brigitte Boeckmann, Toni Gabaldon, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Suzanna Lewis, Carla Bello, Sébastien Briois, Edward Chalstrey, Hirokazu Chiba, Oscar Conchillo-Solé, Vincent Daubin, Todd Deluca, Jean-François Dufayard, Dannie Durand, Jesualdo Tomás Fernández-Breis, Natasha Glover, Alexander Hauser, Davide Heller, Mateus Kaduk, Jan Koch, Eugene Koonin, Evgenia Kriventseva, Shigehiro Kuraku, Odile Lecompte, Olivier Lespinet, Jeremy Levy, Benjamin Liebeskind, Benjamin Linard, Marc Marcet-Houben, Martin Kauffmann, Claire Mcwhite, Sergei Mekhedov, Sebastien Moretti, Steven Müller, El-Mabrouk Nadia, Cedric Notredame, Simon Penel, Ivana Pilizota, Henning Redestig, Marc Robinson-Rechavi, Fabian Schreiber, Kimmen Sjölander, Nives Škunca, Martin Steinegger, Damian Szklarczyk, Paul Thomas, Ernst Thuer, Clément Train, Ikuo Uchiyama, Lucas Wittwer, Ioannis Xenarios, Bethan Yates, Evgeny Zdobnov, Robert Waterhouse
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (2), pp.323-329. ⟨10.1093/bioinformatics/btx542⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btx542
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01758841/file/btx542.pdf BibTex

Conference papers

titre
Rapid alignment-free phylogenec placement via ancestral k-mers
auteur
Benjamin Linard, Krister Swenson, Fabio Pardi
article
MCEB: Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2018, St Martin de Londres, France
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BibTex

2017

Journal articles

titre
The mitochondrial genome of Iberobaenia (Coleoptera: Iberobaeniidae): first rearrangement of protein-coding genes in the beetles
auteur
Carmelo Andujar, Paula Arribas, Benjamin Linard, Robin Kundrata, Ladislav Bocak, Alfried Vogler
article
Mitochondrial DNA Part A, Taylor and Francis, 2017, 28 (2), pp.156-158. ⟨10.3109/19401736.2015.1115488⟩
DOI
DOI : 10.3109/19401736.2015.1115488
pubmedId
Pubmed icone : 27211011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636908/file/Ms_Mitochondrial_genome_rearrangement_Iberobaeniidae_And%C3%BAjar_et_al_21102015%20-%20copia.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
EvoKEN: evolutionary knowledge extraction in networks
auteur
Benjamin Linard, Ngoc Nguyen, Odile Lecompte, Olivier Poch, Julie Thompson
article
2017
DOI
DOI : 10.1101/098285
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636898/file/evoKEN.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Lessons from genome skimming of arthropod-preserving ethanol
auteur
Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2016, 16 (6), pp.1365-1377. ⟨10.1111/1755-0998.12539⟩
DOI
DOI : 10.1111/1755-0998.12539
pubmedId
Pubmed icone : 27235167
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636888/file/Linard_et_al_MER_R1_final_clean_dryad.pdf BibTex
titre
The mitogenome of Hydropsyche pellucidula (Hydropsychidae): first gene arrangement in the insect order Trichoptera
auteur
Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler
article
Mitochondrial DNA Part A, Taylor and Francis, 2016, 28 (1), pp.71-72. ⟨10.3109/19401736.2015.1110803⟩
DOI
DOI : 10.3109/19401736.2015.1110803
pubmedId
Pubmed icone : 26677912
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636904/file/trichoptera_rearrangement_FINAL_4.pdf BibTex
titre
Uncovering Trophic Interactions in Arthropod Predators through DNA Shotgun-Sequencing of Gut Contents
auteur
Débora Paula, Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Amrita Srivathsan, Martijn Timmermans, Edison Sujii, Carmen Pires, Lucas Souza, David Andow, Alfried Vogler
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (9), pp.e0161841. ⟨10.1371/journal.pone.0161841⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0161841
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636900/file/trophic_interactions_gut_content.PDF BibTex
titre
Standardized benchmarking in the quest for orthologs
auteur
Adrian Altenhoff, Brigitte Boeckmann, Salvador Capella-Gutiérrez, Daniel Dalquen, Todd Deluca, Kristoffer Forslund, Jaime Huerta-Cepas, Benjamin Linard, Cécile Pereira, Leszek Pryszcz, Fabian Schreiber, Alan Sousa da Silva, Damian Szklarczyk, Clément-Marie Train, Peer Bork, Odile Lecompte, Christian von Mering, Ioannis Xenarios, Kimmen Sjölander, Lars Juhl Jensen, Maria J Martin, Matthieu Muffato, Toni Gabaldon, Suzanna E Lewis, Paul D Thomas, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2016, 13 (5), pp.425-430. ⟨10.1038/nMeth.3830⟩
DOI
DOI : 10.1038/nMeth.3830
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636892/file/nature_orthologs.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
OrthoInspector 2.0: Software and database updates
auteur
Benjamin Linard, Alexis Allot, Raphaël Schneider, Can Morel, Raymond Ripp, Marc Bigler, Julie Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (3), pp.447-448. ⟨10.1093/bioinformatics/btu642⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btu642
pubmedId
Pubmed icone : 25273105
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636893/file/ortho_v2_application_note_FINAL.pdf BibTex
titre
Metagenome Skimming of Insect Specimen Pools: Potential for Comparative Genomics
auteur
Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Conrad Gillett, Martijn Timmermans, Alfried Vogler
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (6), pp.1474-1489. ⟨10.1093/gbe/evv086⟩
DOI
DOI : 10.1093/gbe/evv086
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636899/file/metagenome_skimming_comparative.pdf BibTex
titre
Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics
auteur
Débora P. Paula, Benjamin Linard, David Andow, Edison Sujii, Carmen Pires, Alfried P. Vogler
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2015, 15 (4), pp.880-892. ⟨10.1111/1755-0998.12364⟩
DOI
DOI : 10.1111/1755-0998.12364
pubmedId
Pubmed icone : 25545417
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636897/file/Prey_Simbionts_Detection_Metagenomics_revision2DAA.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Functional insights into the core-TFIIH from a comparative survey
auteur
Florence Bedez, Benjamin Linard, Xavier Brochet, Raymond Ripp, Julie Thompson, Dino Moras, Odile Lecompte, Olivier Poch
article
Genomics, Elsevier, 2013, 101 (3), pp.178-186. ⟨10.1016/j.ygeno.2012.11.003⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ygeno.2012.11.003
pubmedId
Pubmed icone : 23147676
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636894/file/manuscript-5.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
KD4v: comprehensible knowledge discovery system for missense variant
auteur
Tien-Dao Luu, Alin Rusu, Vincent Walter, Benjamin Linard, Laetitia Poidevin, Raymond Ripp, Luc Moulinier, Jean Muller, Wolfgang Raffelsberger, Nicolas Wicker, Odile Lecompte, Julie Thompson, Olivier Poch, Hoan Nguyen
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (W1), pp.W71-W75. ⟨10.1093/nar/gks474⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gks474
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636871/file/KD4v.pdf BibTex
titre
Toward community standards in the quest for orthologs
auteur
Christophe Dessimoz, Toni Gabaldon, David Roos, Erik Sonnhammer, Javier Herrero, Alfonso Valencia, A. Altenhoff, Rolf Apweiler, M. Ashburner, J. Blake, B. Boeckmann, A. Bridge, E. Bruford, M. Cherry, M. Conte, D. Dannie, R. Datta, B. Domelevo Entfellner, I. Ebersberger, M. Galperin, J. Joseph, T. Koestler, E. Kriventseva, O. Lecompte, J. Leunissen, S. Lewis, Benjamin Linard, M. Livstone, H.-C. Lu, M. Martin, R. Mazumder, D. Messina, V. Miele, M. Muffato, G. Perrière, M. Punta, M. Rouard, T. Schmitt, F. Schreiber, A. Silva, K. Sjolander, N. Skunca, E. Stanley, R. Szklarczyk, P. Thomas, I. Uchiyama, M. van Bel, K. Vandepoele, A. Vilella, A. Yates, E. Zdobnov
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (6), pp.900-904. ⟨10.1093/bioinformatics/bts050⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/bts050
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636872/file/Toward_community_standards_in_the_quest_for_orthologs.pdf BibTex
titre
Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control.
auteur
Francisco Prosdocimi, Benjamin Linard, Pierre Pontarotti, Olivier Poch, Julie Thompson
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.5. ⟨10.1186/1471-2164-13-5⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-13-5
pubmedId
Pubmed icone : 22217008
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00682055/file/1471-2164-13-5.pdf BibTex
titre
EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data
auteur
Benjamin Linard, Ngoc Hoan Nguyen, Francisco Prosdocimi, Olivier Poch, Julie Thompson
article
Evolutionary Bioinformatics, Libertas Academica (New Zealand), 2012, 8, pp.61-77. ⟨10.4137/EBO.S8814⟩
DOI
DOI : 10.4137/EBO.S8814
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636866/file/EvoluCode-Evolutionary-Barcodes.pdf BibTex

Theses

titre
Development of evolutionary knowledge extraction methods and their application in biological complex systems
auteur
Benjamin Linard
article
Biochemistry, Molecular Biology. Université de Strasbourg, 2012. English. ⟨NNT : 2012STRAJ044⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00766182/file/Linard_Benjamin_2012_ED414.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
A Comprehensive Benchmark Study of Multiple Sequence Alignment Methods: Current Challenges and Future Perspectives
auteur
Julie Thompson, Benjamin Linard, Odile Lecompte, Olivier Poch
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (3), pp.18093 - 18093. ⟨10.1371/journal.pone.0018093⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0018093
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01636867/file/Comprehensive_Benchmark_Study_of_Multiple_Alignment.pdf BibTex
titre
OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration.
auteur
Benjamin Linard, Julie Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.11. ⟨10.1186/1471-2105-12-11⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-12-11
pubmedId
Pubmed icone : 21219603
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-00663697/file/1471-2105-12-11.pdf BibTex

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