2024

Poster communications

titre

Benchmarking pangenome graph mapping with strobemer-based seeding

auteur

Marouane Boumlik, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki

article

JOBIM 2024, Jun 2024, JOBIM 2024, France

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titre

Simplified pangenome graph traversals with PSSM scoring : search for motifs differentials

auteur

Julien Guidihounme, Simon De Givry, Benjamin Linard

article

JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France

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2023

Journal articles

titre

Phylogenetic diversity only weakly mitigates climate‐change‐driven biodiversity loss in insect communities

auteur

Zongxu Li, Benjamin Linard, Alfried P. Vogler, Douglas W. Yu, Zhengyang Wang

article

Molecular Ecology, 2023, 32 (23), pp.6147-6160. ⟨10.1111/mec.16747⟩

DOI

DOI : 10.1111/mec.16747

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titre

Computing Phylo-k-mers

auteur

Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2023, 20 (5), pp.2889-2897. ⟨10.1109/TCBB.2023.3278049⟩

DOI

DOI : 10.1109/TCBB.2023.3278049

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titre

EPIK: Precise and scalable evolutionary placement with informative k-mers

auteur

Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Fabio Pardi, Eric Rivals

article

Bioinformatics, 2023, 39 (12), pp. btad692. ⟨10.1093/bioinformatics/btad692⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btad692

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Conference papers

titre

Towards an edit distance between pangenome graphs

auteur

Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre, Thomas Faraut

article

SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2023, Lille, France. pp.1-2

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Poster communications

titre

Benchmarking read mapping on pangenomic variation graphs

auteur

Hajar Bouhamout, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki

article

jobim 2023, Jun 2023, Nice, France

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Software

titre

RAPPAS

auteur

Benjamin Linard

article

2023, ⟨swh:1:dir:1902e071bfa74c8998065dac7edda0098f23b3ea;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/lirmm-04171414;visit=swh:1:snp:4a3bdb3e600d9228330f167436da52334324d603;anchor=swh:1:rel:3337ba01c204f1c91956cc701b4267e655e1d959;path=/⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btz068

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2021

Journal articles

titre

Ten years of collaborative progress in the Quest for Orthologs

auteur

Benjamin Linard, Ingo Ebersberger, Shawn Mcglynn, Natasha Glover, Tomohiro Mochizuki, Mateus Patricio, Odile Lecompte, Yannis Nevers, Paul Thomas, Toni Gabaldón, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Ikuo Uchiyama

article

Molecular Biology and Evolution, 2021, pp.msab098. ⟨10.1093/molbev/msab098⟩

DOI

DOI : 10.1093/molbev/msab098

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2020

Journal articles

titre

Rapid screening and detection of inter-type viral recombinants using phylo- $k$ -mers

auteur

Guillaume E. Scholz, Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Eric Rivals, Fabio Pardi

article

Bioinformatics, 2020, pp.#btaa1020. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1020⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa1020

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titre

PEWO: a collection of workflows to benchmark phylogenetic placement

auteur

Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Fabio Pardi, Eric Rivals

article

Bioinformatics, 2020, 36 (21), pp.5264-5266. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa657⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa657

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titre

Mitochondrial metagenomics reveals the ancient origin and phylodiversity of soil mites and provides a phylogeny of the Acari

auteur

Paula Arribas, Carmelo Andujar, Maria Lourdes Moraza, Benjamin Linard, Brent C. Emerson, Alfried P Vogler

article

Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (3), pp.683-694. ⟨10.1093/molbev/msz255⟩

DOI

DOI : 10.1093/molbev/msz255

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2019

Journal articles

titre

Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences

auteur

Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi

article

Bioinformatics, 2019, 35 (18), pp.3303-3312. ⟨10.1093/bioinformatics/btz068⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btz068

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titre

New mitochondrial genomes of 39 soil dwelling Coleoptera from metagenome sequencing

auteur

Carmelo Andujar, Paula Arribas, Michal Motyka, Mathew Bocek, Ladislav Bocak, Benjamin Linard, Alfried Vogler

article

Mitochondrial DNA Part B Resources, 2019, 4 (2), pp.2447-2450. ⟨10.1080/23802359.2019.1637289⟩

DOI

DOI : 10.1080/23802359.2019.1637289

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titre

OrthoInspector 3.0: open portal for comparative genomics

auteur

Yannis Nevers, Arnaud Kress, Audrey Defosset, Raymond Ripp, Benjamin Linard, Julie D Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (D1), pp.D411-D418. ⟨10.1093/nar/gky1068⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gky1068

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences

auteur

Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi

article

2019

DOI

DOI : 10.1101/328740

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2018

Journal articles

titre

The contribution of mitochondrial metagenomics to large-scale data mining and phylogenetic analysis of Coleoptera

auteur

Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Jerome Moriniere, Martijn J T N Timmermans, Carmelo Andujar, Carola Gomez-Rodriguez, Paula Arribas, Kirsten E Miller, Julia Lipecki, Emeline Favreau, Amie Hunter, Carola Gómez-Rodríguez, Christopher Barton, Ruie Nie, Conrad P D T Gillett, Thijmen Breeschoten, Ladislav Bocak, Alfried P Vogler

article

Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018, 128, pp.1-11. ⟨10.1016/j.ympev.2018.07.008⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ympev.2018.07.008

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titre

Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs

auteur

Kristoffer Forslund, Cécile Pereira, Salvador Capella-Gutiérrez, Alan Sousa da Silva, Adrian M Altenhoff, Jaime Huerta-Cepas, Matthieu Muffato, Mateus Patricio, Klaas Vandepoele, Ingo Ebersberger, Judith Blake, Jesualdo Tomás Fernández Breis, Brigitte Boeckmann, Toni Gabaldon, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Suzanna Lewis, Carla Bello, Sébastien Briois, Edward Chalstrey, Hirokazu Chiba, Oscar Conchillo-Solé, Vincent Daubin, Todd Deluca, Jean-François Dufayard, Dannie Durand, Jesualdo Tomás Fernández-Breis, Natasha Glover, Alexander Hauser, Davide Heller, Mateus Kaduk, Jan Koch, Eugene Koonin, Evgenia V. Kriventseva, Shigehiro Kuraku, Odile Lecompte, Olivier Lespinet, Jeremy Levy, Benjamin Liebeskind, Benjamin Linard, Marc Marcet-Houben, Martin Kauffmann, Claire Mcwhite, Sergei Mekhedov, Sebastien Moretti, Steven Müller, El-Mabrouk Nadia, Cedric Notredame, Simon Penel, Ivana Pilizota, Henning Redestig, Marc Robinson-Rechavi, Fabian Schreiber, Kimmen Sjölander, Nives Škunca, Martin Steinegger, Damian Szklarczyk, Paul Thomas, Ernst Thuer, Clément Train, Ikuo Uchiyama, Lucas Wittwer, Ioannis Xenarios, Bethan Yates, Evgeny Zdobnov, Robert Waterhouse

article

Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.323-329. ⟨10.1093/bioinformatics/btx542⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btx542

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Conference papers

titre

Rapid alignment-free phylogenec placement via ancestral k-mers

auteur

Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi

article

MCEB: Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2018, St Martin de Londres, France

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2017

Journal articles

titre

The mitochondrial genome of Iberobaenia (Coleoptera: Iberobaeniidae): first rearrangement of protein-coding genes in the beetles

auteur

Carmelo Andujar, Paula Arribas, Benjamin Linard, Robin Kundrata, Ladislav Bocak, Alfried P Vogler

article

Mitochondrial DNA Part A, 2017, 28 (2), pp.156-158. ⟨10.3109/19401736.2015.1115488⟩

DOI

DOI : 10.3109/19401736.2015.1115488

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Preprints, Working Papers, ...

titre

EvoKEN: evolutionary knowledge extraction in networks

auteur

Benjamin Linard, Ngoc Thanh Nguyen, Odile Lecompte, Olivier Poch, Julie D. Thompson

article

2017

DOI

DOI : 10.1101/098285

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2016

Journal articles

titre

The mitogenome of Hydropsyche pellucidula (Hydropsychidae): first gene arrangement in the insect order Trichoptera

auteur

Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler

article

Mitochondrial DNA Part A, 2016, 28 (1), pp.71-72. ⟨10.3109/19401736.2015.1110803⟩

DOI

DOI : 10.3109/19401736.2015.1110803

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titre

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

auteur

Adrian M Altenhoff, Brigitte Boeckmann, Salvador Capella-Gutiérrez, Daniel A Dalquen, Todd Deluca, Kristoffer Forslund, Jaime Huerta-Cepas, Benjamin Linard, Cécile Pereira, Leszek P Pryszcz, Fabian Schreiber, Alan Sousa da Silva, Damian Szklarczyk, Clément-Marie Train, Peer Bork, Odile Lecompte, Christian von Mering, Ioannis Xenarios, Kimmen Sjölander, Lars Juhl Jensen, Maria J Martin, Matthieu Muffato, Toni Gabaldon, Suzanna E Lewis, Paul D Thomas, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz

article

Nature Methods, 2016, 13 (5), pp.425-430. ⟨10.1038/nMeth.3830⟩

DOI

DOI : 10.1038/nMeth.3830

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titre

Uncovering Trophic Interactions in Arthropod Predators through DNA Shotgun-Sequencing of Gut Contents

auteur

Débora P Paula, Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Amrita Srivathsan, Martijn J T N Timmermans, Edison R Sujii, Carmen S S Pires, Lucas M Souza, David A Andow, Alfried P Vogler

article

PLoS ONE, 2016, 11 (9), pp.e0161841. ⟨10.1371/journal.pone.0161841⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0161841

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titre

Lessons from genome skimming of arthropod-preserving ethanol

auteur

Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler

article

Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (6), pp.1365-1377. ⟨10.1111/1755-0998.12539⟩

DOI

DOI : 10.1111/1755-0998.12539

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2015

Journal articles

titre

Metagenome Skimming of Insect Specimen Pools: Potential for Comparative Genomics

auteur

Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Conrad P D T Gillett, Martijn J T N Timmermans, Alfried P Vogler

article

Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (6), pp.1474-1489. ⟨10.1093/gbe/evv086⟩

DOI

DOI : 10.1093/gbe/evv086

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titre

Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics

auteur

Débora P. Paula, Benjamin Linard, David A Andow, Edison R Sujii, Carmen S S Pires, Alfried P. Vogler

article

Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (4), pp.880-892. ⟨10.1111/1755-0998.12364⟩

DOI

DOI : 10.1111/1755-0998.12364

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titre

OrthoInspector 2.0: Software and database updates

auteur

Benjamin Linard, Alexis Allot, Raphaël Schneider, Can Morel, Raymond Ripp, Marc Bigler, Julie D Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte

article

Bioinformatics, 2015, 31 (3), pp.447-448. ⟨10.1093/bioinformatics/btu642⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btu642

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2013

Journal articles

titre

Functional insights into the core-TFIIH from a comparative survey

auteur

Florence Bedez, Benjamin Linard, Xavier Brochet, Raymond Ripp, Julie D. Thompson, Dino Moras, Odile Lecompte, Olivier Poch

article

Genomics, 2013, 101 (3), pp.178-186. ⟨10.1016/j.ygeno.2012.11.003⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ygeno.2012.11.003

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2012

Journal articles

titre

KD4v: comprehensible knowledge discovery system for missense variant

auteur

Tien-Dao Luu, Alin Rusu, Vincent Walter, Benjamin Linard, Laetitia Poidevin, Raymond Ripp, Luc Moulinier, Jean Muller, Wolfgang Raffelsberger, Nicolas Wicker, Odile Lecompte, Julie D. Thompson, Olivier Poch, Hoan Nguyen

article

Nucleic Acids Research, 2012, 40 (W1), pp.W71-W75. ⟨10.1093/nar/gks474⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gks474

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titre

Toward community standards in the quest for orthologs

auteur

Christophe Dessimoz, Toni Gabaldon, David Roos, Erik L L Sonnhammer, Javier Herrero, Alfonso Valencia, A. Altenhoff, Rolf Apweiler, M. Ashburner, J. Blake, B. Boeckmann, A. Bridge, E. Bruford, M. Cherry, M. Conte, D. Dannie, R. Datta, B. Domelevo Entfellner, I. Ebersberger, M. Galperin, J. Joseph, T. Koestler, E. Kriventseva, O. Lecompte, J. Leunissen, S. Lewis, Benjamin Linard, M. Livstone, H.-C. Lu, M. Martin, R. Mazumder, D. Messina, V. Miele, M. Muffato, G. Perrière, M. Punta, M. Rouard, T. Schmitt, F. Schreiber, A. Silva, K. Sjolander, N. Skunca, E. Stanley, R. Szklarczyk, P. Thomas, I. Uchiyama, M. van Bel, K. Vandepoele, A. Vilella, A. Yates, E. Zdobnov

article

Bioinformatics, 2012, 28 (6), pp.900-904. ⟨10.1093/bioinformatics/bts050⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/bts050

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titre

Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control.

auteur

Francisco Prosdocimi, Benjamin Linard, Pierre Pontarotti, Olivier Poch, Julie Thompson

article

BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.5. ⟨10.1186/1471-2164-13-5⟩

DOI

DOI : 10.1186/1471-2164-13-5

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titre

EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data

auteur

Benjamin Linard, Ngoc Hoan Nguyen, Francisco Prosdocimi, Olivier Poch, Julie D. Thompson

article

Evolutionary Bioinformatics, 2012, 8, pp.61-77. ⟨10.4137/EBO.S8814⟩

DOI

DOI : 10.4137/EBO.S8814

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Theses

titre

Development of evolutionary knowledge extraction methods and their application in biological complex systems

auteur

Benjamin Linard

article

Biochemistry, Molecular Biology. Université de Strasbourg, 2012. English. ⟨NNT : 2012STRAJ044⟩

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2011

Journal articles

titre

A Comprehensive Benchmark Study of Multiple Sequence Alignment Methods: Current Challenges and Future Perspectives

auteur

Julie D. Thompson, Benjamin Linard, Odile Lecompte, Olivier Poch

article

PLoS ONE, 2011, 6 (3), pp.18093 - 18093. ⟨10.1371/journal.pone.0018093⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0018093

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titre

OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration.

auteur

Benjamin Linard, Julie Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte

article

BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.11. ⟨10.1186/1471-2105-12-11⟩

DOI

DOI : 10.1186/1471-2105-12-11

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