Scientific publications
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2024
Poster communications
- titre
- Benchmarking pangenome graph mapping with strobemer-based seeding
- auteur
- Marouane Boumlik, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki
- article
- JOBIM 2024, Jun 2024, JOBIM 2024, France
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- titre
- Simplified pangenome graph traversals with PSSM scoring : search for motifs differentials
- auteur
- Simon De Givry, Benjamin Linard, Julien Guidihounme
- article
- JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France
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2023
Journal articles
- titre
- Phylogenetic diversity only weakly mitigates climate‐change‐driven biodiversity loss in insect communities
- auteur
- Zongxu Li, Benjamin Linard, Alfried P. Vogler, Douglas W. Yu, Zhengyang Wang
- article
- Molecular Ecology, 2023, 32 (23), pp.6147-6160. ⟨10.1111/mec.16747⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/mec.16747
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- titre
- Computing Phylo-k-mers
- auteur
- Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2023, 20 (5), pp.2889-2897. ⟨10.1109/TCBB.2023.3278049⟩
- DOI
- DOI : 10.1109/TCBB.2023.3278049
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- titre
- EPIK: Precise and scalable evolutionary placement with informative k-mers
- auteur
- Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Fabio Pardi, Eric Rivals
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (12), pp. btad692. ⟨10.1093/bioinformatics/btad692⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btad692
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Conference papers
- titre
- Towards an edit distance between pangenome graphs
- auteur
- Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre, Thomas Faraut
- article
- SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2023, Lille, France. pp.1-2
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Poster communications
- titre
- Benchmarking read mapping on pangenomic variation graphs
- auteur
- Hajar Bouhamout, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki
- article
- jobim 2023, Jun 2023, Nice, France
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Software
- titre
- RAPPAS
- auteur
- Benjamin Linard
- article
- 2023, ⟨swh:1:dir:1902e071bfa74c8998065dac7edda0098f23b3ea;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/lirmm-04171414;visit=swh:1:snp:4a3bdb3e600d9228330f167436da52334324d603;anchor=swh:1:rel:3337ba01c204f1c91956cc701b4267e655e1d959;path=/⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btz068
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2021
Journal articles
- titre
- Ten years of collaborative progress in the Quest for Orthologs
- auteur
- Benjamin Linard, Ingo Ebersberger, Shawn Mcglynn, Natasha Glover, Tomohiro Mochizuki, Mateus Patricio, Odile Lecompte, Yannis Nevers, Paul Thomas, Toni Gabaldón, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Ikuo Uchiyama
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2021, pp.msab098. ⟨10.1093/molbev/msab098⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/molbev/msab098
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2020
Journal articles
- titre
- Rapid screening and detection of inter-type viral recombinants using phylo- $k$ -mers
- auteur
- Guillaume E. Scholz, Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Eric Rivals, Fabio Pardi
- article
- Bioinformatics, 2020, pp.#btaa1020. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1020⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa1020
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- titre
- PEWO: a collection of workflows to benchmark phylogenetic placement
- auteur
- Benjamin Linard, Nikolai Romashchenko, Fabio Pardi, Eric Rivals
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (21), pp.5264-5266. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa657⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa657
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- titre
- Mitochondrial metagenomics reveals the ancient origin and phylodiversity of soil mites and provides a phylogeny of the Acari
- auteur
- Paula Arribas, Carmelo Andujar, Maria Lourdes Moraza, Benjamin Linard, Brent C. Emerson, Alfried P Vogler
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (3), pp.683-694. ⟨10.1093/molbev/msz255⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/molbev/msz255
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2019
Journal articles
- titre
- Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences
- auteur
- Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (18), pp.3303-3312. ⟨10.1093/bioinformatics/btz068⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btz068
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- titre
- New mitochondrial genomes of 39 soil dwelling Coleoptera from metagenome sequencing
- auteur
- Carmelo Andujar, Paula Arribas, Michal Motyka, Mathew Bocek, Ladislav Bocak, Benjamin Linard, Alfried Vogler
- article
- Mitochondrial DNA Part B Resources, 2019, 4 (2), pp.2447-2450. ⟨10.1080/23802359.2019.1637289⟩
- DOI
- DOI : 10.1080/23802359.2019.1637289
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- titre
- OrthoInspector 3.0: open portal for comparative genomics
- auteur
- Yannis Nevers, Arnaud Kress, Audrey Defosset, Raymond Ripp, Benjamin Linard, Julie D Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, 47 (D1), pp.D411-D418. ⟨10.1093/nar/gky1068⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky1068
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences
- auteur
- Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi
- article
- 2019
- DOI
- DOI : 10.1101/328740
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2018
Journal articles
- titre
- The contribution of mitochondrial metagenomics to large-scale data mining and phylogenetic analysis of Coleoptera
- auteur
- Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Jerome Moriniere, Martijn J T N Timmermans, Carmelo Andujar, Carola Gomez-Rodriguez, Paula Arribas, Kirsten E Miller, Julia Lipecki, Emeline Favreau, Amie Hunter, Carola Gómez-Rodríguez, Christopher Barton, Ruie Nie, Conrad P D T Gillett, Thijmen Breeschoten, Ladislav Bocak, Alfried P Vogler
- article
- Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018, 128, pp.1-11. ⟨10.1016/j.ympev.2018.07.008⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ympev.2018.07.008
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- titre
- Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs
- auteur
- Kristoffer Forslund, Cécile Pereira, Salvador Capella-Gutiérrez, Alan Sousa da Silva, Adrian M Altenhoff, Jaime Huerta-Cepas, Matthieu Muffato, Mateus Patricio, Klaas Vandepoele, Ingo Ebersberger, Judith Blake, Jesualdo Tomás Fernández Breis, Brigitte Boeckmann, Toni Gabaldon, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz, Suzanna Lewis, Carla Bello, Sébastien Briois, Edward Chalstrey, Hirokazu Chiba, Oscar Conchillo-Solé, Vincent Daubin, Todd Deluca, Jean-François Dufayard, Dannie Durand, Jesualdo Tomás Fernández-Breis, Natasha Glover, Alexander Hauser, Davide Heller, Mateus Kaduk, Jan Koch, Eugene Koonin, Evgenia V. Kriventseva, Shigehiro Kuraku, Odile Lecompte, Olivier Lespinet, Jeremy Levy, Benjamin Liebeskind, Benjamin Linard, Marc Marcet-Houben, Martin Kauffmann, Claire Mcwhite, Sergei Mekhedov, Sebastien Moretti, Steven Müller, El-Mabrouk Nadia, Cedric Notredame, Simon Penel, Ivana Pilizota, Henning Redestig, Marc Robinson-Rechavi, Fabian Schreiber, Kimmen Sjölander, Nives Škunca, Martin Steinegger, Damian Szklarczyk, Paul Thomas, Ernst Thuer, Clément Train, Ikuo Uchiyama, Lucas Wittwer, Ioannis Xenarios, Bethan Yates, Evgeny Zdobnov, Robert Waterhouse
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.323-329. ⟨10.1093/bioinformatics/btx542⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btx542
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Conference papers
- titre
- Rapid alignment-free phylogenec placement via ancestral k-mers
- auteur
- Benjamin Linard, Krister M. Swenson, Fabio Pardi
- article
- MCEB: Mathematical and Computational Evolutionary Biology, Jun 2018, St Martin de Londres, France
- Accès au bibtex
2017
Journal articles
- titre
- The mitochondrial genome of Iberobaenia (Coleoptera: Iberobaeniidae): first rearrangement of protein-coding genes in the beetles
- auteur
- Carmelo Andujar, Paula Arribas, Benjamin Linard, Robin Kundrata, Ladislav Bocak, Alfried P Vogler
- article
- Mitochondrial DNA Part A, 2017, 28 (2), pp.156-158. ⟨10.3109/19401736.2015.1115488⟩
- DOI
- DOI : 10.3109/19401736.2015.1115488
- Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- EvoKEN: evolutionary knowledge extraction in networks
- auteur
- Benjamin Linard, Ngoc Thanh Nguyen, Odile Lecompte, Olivier Poch, Julie D. Thompson
- article
- 2017
- DOI
- DOI : 10.1101/098285
- Accès au texte intégral et bibtex
2016
Journal articles
- titre
- The mitogenome of Hydropsyche pellucidula (Hydropsychidae): first gene arrangement in the insect order Trichoptera
- auteur
- Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler
- article
- Mitochondrial DNA Part A, 2016, 28 (1), pp.71-72. ⟨10.3109/19401736.2015.1110803⟩
- DOI
- DOI : 10.3109/19401736.2015.1110803
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Standardized benchmarking in the quest for orthologs
- auteur
- Adrian M Altenhoff, Brigitte Boeckmann, Salvador Capella-Gutiérrez, Daniel A Dalquen, Todd Deluca, Kristoffer Forslund, Jaime Huerta-Cepas, Benjamin Linard, Cécile Pereira, Leszek P Pryszcz, Fabian Schreiber, Alan Sousa da Silva, Damian Szklarczyk, Clément-Marie Train, Peer Bork, Odile Lecompte, Christian von Mering, Ioannis Xenarios, Kimmen Sjölander, Lars Juhl Jensen, Maria J Martin, Matthieu Muffato, Toni Gabaldon, Suzanna E Lewis, Paul D Thomas, Erik Sonnhammer, Christophe Dessimoz
- article
- Nature Methods, 2016, 13 (5), pp.425-430. ⟨10.1038/nMeth.3830⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nMeth.3830
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- titre
- Uncovering Trophic Interactions in Arthropod Predators through DNA Shotgun-Sequencing of Gut Contents
- auteur
- Débora P Paula, Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Amrita Srivathsan, Martijn J T N Timmermans, Edison R Sujii, Carmen S S Pires, Lucas M Souza, David A Andow, Alfried P Vogler
- article
- PLoS ONE, 2016, 11 (9), pp.e0161841. ⟨10.1371/journal.pone.0161841⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0161841
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Lessons from genome skimming of arthropod-preserving ethanol
- auteur
- Benjamin Linard, P. Arribas, C. Andújar, A. Crampton-Platt, A. P. Vogler
- article
- Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (6), pp.1365-1377. ⟨10.1111/1755-0998.12539⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/1755-0998.12539
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2015
Journal articles
- titre
- OrthoInspector 2.0: Software and database updates
- auteur
- Benjamin Linard, Alexis Allot, Raphaël Schneider, Can Morel, Raymond Ripp, Marc Bigler, Julie D Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
- article
- Bioinformatics, 2015, 31 (3), pp.447-448. ⟨10.1093/bioinformatics/btu642⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btu642
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- titre
- Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics
- auteur
- Débora P. Paula, Benjamin Linard, David A Andow, Edison R Sujii, Carmen S S Pires, Alfried P. Vogler
- article
- Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (4), pp.880-892. ⟨10.1111/1755-0998.12364⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/1755-0998.12364
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- titre
- Metagenome Skimming of Insect Specimen Pools: Potential for Comparative Genomics
- auteur
- Benjamin Linard, Alex Crampton-Platt, Conrad P D T Gillett, Martijn J T N Timmermans, Alfried P Vogler
- article
- Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (6), pp.1474-1489. ⟨10.1093/gbe/evv086⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/gbe/evv086
- Accès au texte intégral et bibtex
2013
Journal articles
- titre
- Functional insights into the core-TFIIH from a comparative survey
- auteur
- Florence Bedez, Benjamin Linard, Xavier Brochet, Raymond Ripp, Julie D. Thompson, Dino Moras, Odile Lecompte, Olivier Poch
- article
- Genomics, 2013, 101 (3), pp.178-186. ⟨10.1016/j.ygeno.2012.11.003⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ygeno.2012.11.003
- Accès au texte intégral et bibtex
2012
Journal articles
- titre
- KD4v: comprehensible knowledge discovery system for missense variant
- auteur
- Tien-Dao Luu, Alin Rusu, Vincent Walter, Benjamin Linard, Laetitia Poidevin, Raymond Ripp, Luc Moulinier, Jean Muller, Wolfgang Raffelsberger, Nicolas Wicker, Odile Lecompte, Julie D. Thompson, Olivier Poch, Hoan Nguyen
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (W1), pp.W71-W75. ⟨10.1093/nar/gks474⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gks474
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- titre
- Toward community standards in the quest for orthologs
- auteur
- Christophe Dessimoz, Toni Gabaldon, David Roos, Erik L L Sonnhammer, Javier Herrero, Alfonso Valencia, A. Altenhoff, Rolf Apweiler, M. Ashburner, J. Blake, B. Boeckmann, A. Bridge, E. Bruford, M. Cherry, M. Conte, D. Dannie, R. Datta, B. Domelevo Entfellner, I. Ebersberger, M. Galperin, J. Joseph, T. Koestler, E. Kriventseva, O. Lecompte, J. Leunissen, S. Lewis, Benjamin Linard, M. Livstone, H.-C. Lu, M. Martin, R. Mazumder, D. Messina, V. Miele, M. Muffato, G. Perrière, M. Punta, M. Rouard, T. Schmitt, F. Schreiber, A. Silva, K. Sjolander, N. Skunca, E. Stanley, R. Szklarczyk, P. Thomas, I. Uchiyama, M. van Bel, K. Vandepoele, A. Vilella, A. Yates, E. Zdobnov
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (6), pp.900-904. ⟨10.1093/bioinformatics/bts050⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/bts050
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- titre
- Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control.
- auteur
- Francisco Prosdocimi, Benjamin Linard, Pierre Pontarotti, Olivier Poch, Julie Thompson
- article
- BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.5. ⟨10.1186/1471-2164-13-5⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2164-13-5
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- titre
- EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data
- auteur
- Benjamin Linard, Ngoc Hoan Nguyen, Francisco Prosdocimi, Olivier Poch, Julie D. Thompson
- article
- Evolutionary Bioinformatics, 2012, 8, pp.61-77. ⟨10.4137/EBO.S8814⟩
- DOI
- DOI : 10.4137/EBO.S8814
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Theses
- titre
- Development of evolutionary knowledge extraction methods and their application in biological complex systems
- auteur
- Benjamin Linard
- article
- Biochemistry, Molecular Biology. Université de Strasbourg, 2012. English. ⟨NNT : 2012STRAJ044⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
2011
Journal articles
- titre
- A Comprehensive Benchmark Study of Multiple Sequence Alignment Methods: Current Challenges and Future Perspectives
- auteur
- Julie D. Thompson, Benjamin Linard, Odile Lecompte, Olivier Poch
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (3), pp.18093 - 18093. ⟨10.1371/journal.pone.0018093⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0018093
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration.
- auteur
- Benjamin Linard, Julie Thompson, Olivier Poch, Odile Lecompte
- article
- BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.11. ⟨10.1186/1471-2105-12-11⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-12-11
- Accès au texte intégral et bibtex